Theo các cụ cao tuổi trong cụm dân cư, trước đây miếu Hoa Đình (đền Bảo Linh ngày nay) có quy mô kiến trúc nhỏ gồm ba gian đơn giản tranh tre. Sau này được sự quan tâm của Đảng, chính quyền và nhân dân cùng sự phát triển đi lên của tín ngưỡng dân gian có tu sửa và mở rộng quy mô kiến trúc hơn trước đây gồm 03 gian 02 chái ở vị trí khá đẹp của phường Nhật Tân, liền kề phía trước là nhà thờ họ Nguyễn, bên phải là hồ Tây, phía sau nằm liền kề với khu dân cư.

Tổng thể của đền hiện nay bao gồm: cổng đền; nhà khách, sân vườn; đền chính (tiền tế, hậu cung).

Cổng di tích nhỏ gọn trên đề “Bảo Linh đền” (Đền Bảo Linh) bằng chữ Hán. Dưới đề là nhà số 33.

Hai bên là câu đối:

Ngũ sắc tường vân cai thánh điện

Thiên thu ân vụ phúc dân linh

Nghĩa là:

Ngũ sắc mây lành che điện thánh

Ngàn năm mưa móc tưới sinh dân

Toàn bộ kiến trúc của đền nằm khiêm tốn bên bờ Hồ Tây. Đền nhìn hướng đông nam, kiến trúc theo kiểu chữ nhị, ba gian bái đường lớn hơn, ba gian hậu cung nhỏ hơn, tất cả đều đơn giản xây theo kiểu tường hồi bít đốc không cao nhưng rất thần mật.

Phía trên cao nhất của hậu cung đặt khám thờ và tượng của ba vị thánh Mẫu đó là: mẫu Thượng Thiên (Vân Hương Thánh Mẫu), mẫu Thượng Ngàn (mẫu cai quản vùng rừng núi), mẫu Thoải (mẫu cai quản vùng sông nước).

Nhóm tượng thờ thứ hai là Ngọc Hoàng Thượng Đế. Bên trái có thị giả Nam Tào, bên phải có thị giả Bắc Đẩu.

Điện thờ bên trái trong hậu cung là Đức Cửu Thiên Vũ Đế Trần Hưng Đạo. Điện thờ bên phải trong hậu cung là chúa Thượng Ngàn. Phía ngoài bái đường là ngũ vị tôn ông. Hai đầu hồi đặt các hàng bia hậu ngay ngắn.

Về tam tòa Thánh Mẫu được giải thích:

1. Mẫu Thiên - Thiên Tiên Thánh Mẫu - Vân Hương Thánh mẫu - Mẫu Liễu trang phục màu hồng hay vàng.

2. Mẫu Địa - Mẫu Thượng Ngàn trang phục màu xanh.

3. Mẫu Thủy - Mẫu Thoải trang phục màu trắng.

Với tư tưởng một chúa ba ngôi, nhất thế tam vị, nhất sinh nhị, nhị sinh tam, tam sinh vạn vật của triết học và thần học thì Mẫu Thiên đứng thứ nhất, nhất sinh nhị sinh tam. Nghĩa là từ Mẫu Thiên mà hóa thân thành Mẫu Địa - thứ hai, tiếp tục hóa thân thành Mẫu Thoải - thứ ba. Theo quan điểm này, thờ Mẫu được gọi là Tam tòa Thành Mẫu. Các địa điểm tâm linh thờ Tam tòa Thánh Mẫu, chúa Tam phủ có thờ cả Ngọc Hoàng Thượng Đế, Nam Tào - Bắc Đẩu, Ngũ Vị Tôn ông, Tứ vị chầu bà… nên được gọi là Tam phủ công đồng hay Tứ phủ vạn linh. Phủ thứ tư để thờ các vị linh thần khác chứ không thờ thêm Mẫu nào.

Cùng với tư tưởng thiên nhân hợp nhất nên Mẫu Thiên chính là Mẫu nhân gian. Mẫu Thiên hóa thành người dưới trần rồi được tôn vinh là Liễu Hạnh Công chúa, Mã Hoàng Công chúa, nhân gian thường gọi là Mẫu Liễu hay Vân Hương Thành Mẫu. Mẫu Thiên (Thiên Tiên Thánh Mẫu) và Mẫu Liễu Hạnh là một.

Đền Bảo Linh tương tự như các phủ đều thờ Tam vị Thánh Mẫu, Ngọc Hoàng thượng đế, Ngũ vị Tôn ông, các cô, các cậu. Đền cũng đặt thêm điện thờ Đức Thánh Trần Hưng Đạo.

Qua Văn bia còn được lưu giữ, đền Bảo Linh khởi dựng vào đầu triều Nguyễn, được tu sửa vào những năm Minh Mệnh, Thiệu Trị, Tự Đức, Thành Thái, Duy Tân.

Trong thời kỳ kháng chiến chống Pháp, tại đền Bảo Linh đã thành lập chi bộ Đảng xã Quảng Tân (trước đây Quảng An và Nhật Tân là một xã). Cũng tại đây, người dân thôn Hoa Đình đã đào hầm bí mật nuôi giấu các đồng chí cán bộ kháng chiến, chỉ huy đội du kích Quảng Tân hoạt động tại căn cứ Bãi sậy sông Hồng.

Đền Bảo Linh cũng ghi dấu tội ác của thực dân Pháp trong trận càn ngày 20/4/1951, chúng đã bắt và tra tấn dã man hai chiến sĩ du kích rồi bắn chết trước mặt nhân dân để thị uy hòng làm giảm nhuệ khí cách mạng của du kích và nhân dân Nhật Tân nhưng tinh thần đấu tranh của nhân dân lại càng lên cao.

Hiện đền còn lưu giữ bát hương cổ bằng đồng do thực dân Pháp bắn thủng.

Với những giá trị lịch sử và văn hóa, ngày 04/12/2012 đền Bảo Linh được Ủy ban nhân dân thành phố Hà Nội ra Quyết định số 5597/UBND, xác nhận đền Bảo Linh là di tích lịch sử cách mạng kháng chiến.

Hiện nay trong đền Bảo Linh còn lưu giữ được số lượng hiện vật, đồ thờ đầy đủ phong phú, đa dạng nhưng đáng chú ý là hệ thống bia đá có niên đại thời Nguyễn (9 tấm bia đá), ghi tên những người đã công đức tu bổ đền, quả chuông đồng thời Nguyễn, khám thờ gỗ sơn son thếp vàng, 03 bát hương bằng đồng, và 1 bát hương đồng do giặc Pháp bắn thủng thời kỳ chống Pháp.

Đền Bảo Linh đã được UBND Thành phố Hà Nội xếp hạng là di tích Lịch sử văn hóa ngày 27/1/2014.