Đình Yên Thôn được công nhận là loại di tích kiến trúc cổ với đầy đủ những giá trị đích thực cả về nội dung, hình thức mang đậm tính lịch sử lẫn nghệ thuật. Không chỉ vậy, Đình còn được ví như một bảo tàng kiến trúc cổ thu nhỏ mang tính chất nghiên cứu giáo dục cao có ý nghĩa du lịch văn hoá. 

Đình Yên Thôn có cấu trúc mặt bằng kiểu chữ Đinh (J). Đây là hạng mục công trình được xây dựng sớm nhất vào thời Lê, đến thời Nguyễn làm thêm ngôi nhà Tả vu, Hữu vu, nằm song song nhau ở phía trước đầu hồi của ngôi Đại bái. Khu di tích nằm trên thửa đất ở giữa làng, phía trước là khoảng không gian thoáng đãng và đường trục chính. Xa xa là dãy núi Câu Lậu phủ kín màu xanh của cây rừng, có ngôi chùa Tây Phương cổ kính là danh lam đệ nhị trời Nam.

Trải qua thời gian lịch sử kéo dài, đến nay, đình vẫn còn bảo lưu được nhiều hiện vật quý như: Bộ kiệu, bộ ngai, đồ đồng, đồ sứ, các ý môn, câu đối, áo hàng đô đều làm vào khoảng thế kỷ XI.

Các bức cốn bên tả, bên hữu, cùng với một số con kìm làm vào thế kỷ XV, XVI, XVII, đường nét chạm khắc tỉ mỉ. Cổng đình được xây theo kiểu hệ thống tứ đại trụ, bốn cột cao đồ sộ có tường hoa cánh gió bao quanh, trên đỉnh hai trụ chính đắp bốn chim phượng cách điệu hoa dành, phía dưới là ô đèn lồng trang trí: long – ly – quy – phượng và tứ quý : thông – cúc – trúc – mai, vô cùng hài hòa mà không kém phần trang nghiêm.

Bước vào sân đình, trước cửa nhà Đại bái có hai con voi chiến phục chầu, hai bên sân là hai nhà Tả Vu và Hữu Vu, mỗi dãy nhà có năm gian, hai mái chảy, lợp ngói ri, đầu hồi xây bít đốc. Kiểu kiến trúc vì quá giang trụ trốn cột, đây là nét kiến trúc được dựng vào thời Nguyễn. Trong dịp có lễ hay ngày tiệc, nơi đây được dùng làm nơi sắp lễ, bày tiệc, hay nơi nghỉ chân uống nước của khách.

Trong ngôi nhà Đại bái là hệ thống khung nhà vì kèo cột cái và cột quân gồm 64 chiếc, cột chính có đấu vuông, thớt đỉnh để cho khớp với câu đầu tạo nên kiến trúc vì của khung nhà theo kiểu giá chiêng, kẻ bẩy, ở các khúc rường cụt, đầu dư thân, kẻ cột đội, đều chạm khắc mây rồng, lá lật rất tinh xảo, mỗi vì có 6 hàng chân cột.

Trong bốn bộ vì chính có tám đầu kìm được chạm bong độc long rất công phu toát lên thần sắc dũng mãnh. Một số hình rồng mang nét nghệ thuật điêu khắc thời Mạc, phần lớn rồng được chạm bong kênh mang phong cách thế kỷ XVIII và XIX.

Nối liền với Đại bái là Hậu cung, trong hậu cung có hai bức cốn cổ, bức hổ phù gắn bên phải kiểu tai rơi mắt lồi, mũi dẹt miệng há rộng có hàm răng trắng, Bức cốn phía bên trái có nét đặc biệt hơn vì được chạm hình rồng mẹ và rồng con gọi là Mẫu Tử Long.

Ba cỗ ngai nơi ngự của ba vị thành hoàng làng được đặt trang trọng chính giữa mang nét độc đáo hiếm thấy ở thời Lê. Đây là những cỗ ngai cổ hiếm thấy ở huyện Thạch Thất. Ngoài ra còn nhiều đồ thờ có niên đại sớm như: hạc, bình hương, chóe, kiệu, lư hương, câu đối… được sử dụng và bài trí khoa học tạo nên thế uy nghiêm, trang trọng.

Đình thờ Tam Vị Thánh Tản, là người có công với nước có nghĩa với dân. Tích xưa truyền lại, thời Hùng Vương thứ 18 – Hùng Duệ Vương ở Phú Thọ, có hai cặp vợ chồng luống tuổi mà chưa có con. Cả hai nhà bán hết gia sản tìm cách làm việc thiện. Sau đó cặp vợ chồng thứ nhất sinh hạ được cậu con trai khôi ngô tuấn tú đặt tên là Tuấn Công, cũng trong thời gian đó, trời như nghe thấy sở nguyện, cặp vợ chồng thứ hai sinh được hai người con trai tên là Sùng Công và Hiển Công.

Đến thời niên thiếu cha mẹ của các cậu đều mất cả. Tuấn Công rời Lăng Xương, Phú Thọ sang núi Tản làm con nuôi bà Ma Thị Cao Sơn, hai mẹ con nương tựa nhau sống.

Một ngày nọ, Tuấn Công lên rừng đốn củi gặp được tiên ông ban cho gậy thần, dạy lời thần chú cải tử hoàn  sinh. Nhờ có gậy thần và lời chú mà một lần Tuấn Công cứu được rắn thần – con vua Thủy Tề. Cảm kích ơn nghĩa vua Thủy Tề ban cho sách ước.

Tuấn Công đã dùng gậy thần, sách ước giúp dân làm ăn, dạy nghề làm nhà cửa, bảo vệ người dân. Vua Hùng Huệ Vương có hai người con gái, một là Tiên Dung (đã được gả cho Chử Đồng Tử), một là Ngọc Hoa công chúa chưa kết duyên cùng ai.

Vua Hùng mở hội kén rể, Tuấn Công hay còn được gọi là Sơn Tinh trổ tài thi sức với Thủy Tinh và rước được Ngọc Hoa về làm vợ. Thủy Tinh đem lòng hận cùng muôn loài thủy quái dâng nước đánh núi Tản. Sơn Tinh cùng nhân dân phòng chống lũ lụt, đẩy lùi Thủy Tinh.

Khi Văn Lang bị Thục Phán – Thủ lĩnh bộ tộc Âu Việt đem quân xâm lấn. Sơn Tinh cùng hai anh em Sùng Công, Hiển Công ra sức giúp vua Hùng giữ yên giang sơn. Khi tuổi cao sức yếu nhường ngôi cho Thục Phán, vua Hùng cùng ba ngài và công chúa trở về núi Tản, đi khắp nơi dạy nhân dân làm nông nghiệp dựng nhà, phòng chống thiên tai.

Về sau khi ba anh em Thánh Tản hóa về trời được dân làng tôn thờ làm thành hoàng làng. Tuấn Công được tôn thờ là Tản Viên Sơn Quốc Chúa Thượng Đẳng Thần; Sùng Công được tôn thờ là Cao Sơn Đại Vương Thượng Đẳng Thần; Hiển Công được tôn thờ là Quý Minh Đại Vương Thượng Đẳng Thần.

Hàng năm, dân làng tổ chức tiệc, lễ hội để tưởng nhớ công ơn của các ngài. Đình Yên Thôn có bảy tiệc chính: Tiệc lão nuôi trai vào ngày 13 tháng 2 âm lịch, tiệc giỗ Tiếu Thiện Đại Vương (có công phù trợ Trưng Vương) vào mùng 3 tháng tư âm lịch, tiệc giỗ Trầm Đỗng Đại Vương (có công giúp Lý Bôn lập nước Vạn Xuân) vào mùng 4 tháng tư âm lịch, tiệc hạ điền mùng 1 tháng 6 âm lịch, tiệc ngày sinh Trầm Đỗng Đại Vương vào ngày 12 tháng 7 âm lịch, Đám tháng Bảy trong ba ngày 16, 17, 18 âm lịch, tiệc xuôi mới diễn ra vào mùng 1 tháng mười âm lịch.

Trong đó, đám tháng Bảy là tiệc quan trọng nhất đươc tiến hành trong ba ngày, mọi công đoạn đều được chuẩn bị rất kỹ lưỡng từ việc người tham gia tế và hàng đô phải kiêng khem, chay tịnh, tránh tiếp xúc với việc ô uế, việc viết văn tế phải do các cụ cao niên có học vị cao nhất của làng, đến việc chuẩn bị lễ vật dâng lên các ngài cũng rất chu đáo.

Với những giá trị về kiến trúc và lịch sử như trên, di tích lịch sử văn hóa đình Yên Thôn đã được công nhận là di tích lịch sử văn hóa cấp Quốc gia năm 1998.