Chùa Bích Động gồm ba ngôi chùa, phân bố theo sườn núi từ thấp lên cao: chùa Hạ, chùa Trung và chùa Thượng.

Chùa Hạ ở dưới chân núi, gồm 5 gian được xây trên một nền cao, kè đá. Trong chùa thờ Phật, phía sau chùa có các bảo tháp.

Chùa Trung nằm ở lưng chừng núi, chỉ có phần cửa và mái chùa lộ thiên, các kiến trúc còn lại nằm gọn trong hang núi. Chùa được xây dựng vào khoảng thế kỷ 15, thờ Phật Thích Ca Mâu Ni. Phía trên mái chùa có hai chữ Hán tự "Bích Động" do Tể tướng Nguyễn Nghiễm (1708-1776) khắc trên vách núi năm 1775 theo lệnh của chúa Trịnh Sâm.

Phía bên trái chùa Trung có gian thờ Thánh Mẫu.

Sư thầy Thích Đàm Thọ, trụ trì chùa cho biết: “Bích Động xưa kia là ngôi chùa nhỏ ở trên đỉnh núi, không rõ được xây dựng từ năm nào. Một trong những văn bia cổ ở chùa Thượng ghi lại rằng, vào cuối đời Đinh, đầu đời Tiền Lê (khoảng thế kỷ 10) có một người phụ nữ họ Lã đã tiến cúng tiền của để tu sửa, chỉnh trang lại chùa. Theo lời các sư tổ truyền lại, toàn bộ công trình chùa quy mô như hiện nay được hoàn thiện cách đây bốn trăm năm."

Từ chùa Hạ du khách bước lên 90 bậc đá ở bên trái lên lưng chừng dãy núi Ngũ Nhạc là chùa Trung. Đây là ngôi chùa rất độc đáo, ít nơi có được. Vách núi ở đây hõm vào như miệng rồng chứa hẳn một phần ngôi chùa bên trong, chỉ còn lại một phần mái trước chùa là lộ thiên.

Sư thầy Thích Đàm Thọ cho biết trên mái chùa Trung có mười chữ Hán màu vàng, đọc theo thứ tự từ trái sang phải là: Già Lam Thần - Đại Hùng Bảo Điện - Nam Thiên Tổ (nghĩa là tất cả các vị sư tổ ở trời Nam này đều xuất phát từ chùa Bích Động ra đi), nói lên vị thế quan trọng của chùa Bích Động trong sự phát triển của Phật giáo ở Việt Nam.

Từ cửa Động Tối du khách bước theo những bậc đá dẫn lên chùa Thượng. Đây là ngôi chùa nằm ở vị trí cao nhất. Từ đây có thể phóng tầm mắt bao quát được toàn bộ cảnh đẹp của vùng núi non hùng vĩ của Di sản thế giới Tràng An.

Từ chùa Bích Động du khách đi bộ khoảng 100m ra bến đò Thạch Bích để xuống thuyền đi thăm quan Hang Thong, Thung Nắng. Hoặc du khách có thể tiếp tục đi xe thêm 2km nữa để khám phá Hang Chùa, Hang Ghé, Thung Giữa, Hang Bụt...

Chùa Bích Động là điểm dừng chân không thể bỏ qua đối du khách trong và ngoài nước khi đến với vùng đất Cố đô Hoa Lư. Chị Marine, du khách đến từ Paris (Pháp) cho biết: “Tôi rất ấn tượng với cảnh quan yên tĩnh, thanh tịnh và vẻ đẹp cổ kính của ngôi chùa này. Ở đây có sự gắn kết giữa ngôi chùa với khung cảnh thiên nhiên hùng vĩ của Di sản thế giới Tràng An”.

 Cửa ra của Động Tối có cấu tạo tự nhiên rất độc đáo. Động Tối là một không gian dài, rộng có điện thắp sáng. Động cũng có tượng Đức Phật Di Đà, tượng Văn Thù Bồ Tát, Quan Âm Bồ Tát.

 Không gian kỳ thú bên trong Động Tối.

 Chiếc chuông đồng cổ treo trên vách đá ở lối vào Động Tối được hai vị thiền sư Trí Kiên và Trí Thể đúc năm Đinh Hợi (1707).

 Không gian bên trong động tối với những nhũ đá có hình thù kỳ lạ.

 Đỉnh núi Ngũ Nhạc Sơn với những mỏm đá tai mèo thu hút khách thăm quan khi đến thăm chùa Bích Động.

 Khung cảnh núi non trùng điệp nhìn từ chùa Bích Động.

Chùa Bích Động tô điểm vẻ cổ kính cho Di sản thế giới Tràng An.

Năm Giáp Ngọ 1774, Tĩnh Vương Trịnh Sâm đến thăm và đặt tên cho chùa là Bích Động. Sau đó, Tể tướng Nguyễn Nghiễm (1708-1776), thân sinh của Đại thi hào Nguyễn Du, thừa lệnh của Trịnh Sâm cho khắc lên vách núi ở chùa Trung hai chữ Bích Động bằng Hán tự. Bên cạnh hai chữ Bích Động có hàng chữ ghi ''Nguyễn Nghiễm phụng đề,'' có nghĩa là Nguyễn Nghiễm phụng chỉ đề chữ.