Đến thế kỷ XVIII, năm Chính Hòa thứ 4 (1703), Hồng Phúc tự được trùng tu với quy mô lớn và Tiến sĩ Hà Tông Mục ở phủ Phụng Thiên đã soạn văn bia, trong đó có ghi địa danh Đông Bộ Đầu, liên quan đến chiến công lẫy lừng trong thời Trần.

Về chiến công này, Đại Việt sử ký toàn thư đã ghi: "Vua và Thái tử ngự lâu thuyền, tiến quân đến Đông Bộ Đầu đón đánh, cản phá được quân giặc". Đã có một thời gian dài, một số nhà sử học theo Đại Việt sử ký toàn thư ghi mà xác định rằng: Đông Bộ Đầu là địa danh thuộc Hà Tây (cũ), đó là xã Bộ Đầu thuộc tổng Phúc Thượng, huyện Thượng Phúc (nay là huyện Thường Tín). Sau đó, năm 1965, nhà sử học Vũ Tuấn Sán và cố Giáo sư Trần Quốc Vượng, bằng những phân tích lo gíc và kết quả nghiên cứu tấm văn bia ở chùa Hòe Nhai đã khẳng định, Đông Bộ Đầu chính là một bến sông thuộc phường Hòe Nhai của Kinh thành Thăng Long ngày trước, ghi dấu chiến thắng của quân dân Đại Việt trong cuộc kháng chiến chống quân xâm lược Nguyên Mông năm 1258.

Nhà sử học Nguyễn Vinh Phúc cũng khẳng định, con đường trồng toàn cây hoa Hòe, nên gọi là đường Hòe đi thẳng từ bến Đông Bộ Đầu vào phía bắc Hoàng Thành. Các sĩ tử đi thi, quan lên kinh thành từ sông Cái lên bến Đông Bộ Đầu mà vào thành Nội. Như vậy, Đông Bộ Đầu là một bến quan trọng ở vị trí đắc địa để quan - sĩ theo đường thủy ra vào Hoàng Thành. Và chùa Hòe Nhai ở gần kề bến Đông Bộ Đầu. Văn bia tiến sĩ Hà Tông Mục soạn đã cho mọi người một chứng tích rất rõ: "Phường Hòe Nhai ở bến Đông Bộ Đầu của thành Thăng Long nước Đại Việt ta, có ngôi chùa tên là Hồng Phúc. Chùa lấy sông Lô Giang làm đai, Tô Lịch làm vạt, chắn ngang non Tản mà chầu về. Phong cảnh hữu tình, tinh khí ngưng tụ. Từ xưa, tăng già đại sĩ trụ trì đền nhang tụng Phật, trên là chúc Thánh nhân trường thị, dưới là cầu cho dân khang vật phụ, quốc đảo, dân cầu đều linh ứng, là danh thắng trong cõi đô hội đại danh lam vậy".

 

Đầu năm 1258, Kinh thành Thăng Long bị giặc Nguyên Mông xâm chiếm. Tướng giặc là Ngột Lương Hợp Thai chiếm bến Đông Bộ Đầu - trấn giữ vị trí quan trọng ở phía đông Thăng Long. Lúc này, vua tôi nhà Trần đã thực hiện rút lui chiến lược, xuôi về bãi sông Thiên Mạc (Hưng Yên) để bảo toàn lực lượng. Nhân dân thực hiện vườn không nhà trống, gọi là kế "thanh dã", khiến địch chiếm kinh thành trống rỗng. Chờ cho quân địch mỏi mệt, thiếu lương thực, đêm 28 rạng sáng 29-1-1258, quân dân nhà Trần từ Thiên Mạc chia làm hai cánh thủy bộ phản công. Trần Thái Tông trực tiếp chỉ huy cánh quân thủy từ sông Thiên Mạc lên sông Hồng, đổ bộ tiến đánh đại bản doanh của địch ở Đông Bộ Đầu. Tướng tiên phong Trần Khánh Dư chỉ huy kỵ binh chủ động tấn công kỵ binh địch khi hai mũi quân thủy bộ còn đang trên đường tiến đến Đông Bộ Đầu. Sau đó, các lực lượng bộ binh và kỵ binh đã hợp sức chia cắt địch ra mà đánh. Quan tướng của Ngột Lương Hợp Thai tháo chạy lên Bạch Hạc (Việt Trì) để lên vùng Quy Hóa. Ở đây, lại bị Hà Bổng đánh tập kích dữ dội, quân Nguyên chỉ còn vài nghìn lê về Đại Lý - Vân Nam (Trung Quốc).

 

Sáng 29-1-1258, vua Trần Thái Tông và tướng sĩ tiến vào kinh thành trong niềm hân hoan vui mừng của nhân dân. Trận quyết chiến chiến lược ở Đông Bộ Đầu làm cho địch đại bại. Vó ngựa quân Nguyên Mông chinh phục khắp Á - Âu đến đây gục ngã trước sức mạnh của hào khí Đông A - Đại Việt.

 

Nếu như nhờ những hàng chữ khắc trên chuông chùa Phúc Xá mà các nhà sử học xác định được quê hương của Thái úy Lý Thường Kiệt là ở phường Thái Hòa của Kinh thành Thăng Long thì chiến thắng oanh liệt tại bến Đông Bộ Đầu được xác định lại địa điểm bởi tấm bia trong ngôi chùa cổ Hòe Nhai. Đó là sự kết hợp kỳ diệu của lịch sử và văn hóa trong tâm thức nhân dân mà cội rễ là văn hiến Thăng Long - Đại Việt.

 

Ngày nay, chùa Hòe Nhai là một trong những di tích, danh thắng nổi tiếng của Thủ đô Hà Nội. Chùa được xây dựng theo kiểu chữ công. Phía trước là chính điện, phía sau là nhà tổ và tăng phòng, xung quanh là hành lang. Thượng điện còn giữ được nhiều bức chạm hình tứ linh và các cửa võng sơn son thếp vàng. Tổng số tượng ở chùa Hòe Nhai gồm 68 pho, được làm bằng nhiều chất liệu khác nhau như đồng hun, gỗ quý, đất nện, được sơn son thếp vàng. Chùa là chốn tổ của phái Tào Động - một thiền phái lớn của Phật giáo Việt Nam có từ thế kỷ XVII. Chùa còn lưu giữ được nhiều di vật cổ như: 28 tấm bia chứa đựng nhiều tư liệu quý cho các nhà nghiên cứu, khánh đồng lớn đúc năm Giáp Dần niên hiệu Tự Đức thứ 17 (1864), cao 1m, rộng 1,5m...

 

Giữa phố cổ tấp nập, vẫn có một chốn thoáng đãng, tĩnh lặng cửa thiền để tĩnh tại và suy ngẫm. Lớp lớp văn hóa Lý - Trần - Lê - Nguyễn còn đọng lại trên các pho tượng cổ, văn bia, khánh đồng và cả pho tượng đá trắng được gắn vào tường gian tam bảo, là điều hiếm có trong các ngôi chùa. Cùng với Tứ Trấn Thăng Long, chùa Hòe Nhai đang được UBND thành phố cho tôn tạo nhà Tiền tế và một số hạng mục trong tổng thể kiến trúc, dự kiến sẽ hoàn thành toàn bộ vào tháng 6-2010 để đón chào Đại lễ 1000 năm Thăng Long - Hà Nội.