Có một chi tiết khá thú vị về cây bồ đề này mà hầu như ít ai để ý. Phía dưới gốc cây to đến sáu người ôm không xuể có một phiến đá ghi vắn tắt vài dòng về lai lịch của cây thiêng. Gốc cây bồ đề này có nguồn gốc từ cây bồ đề chính tại vườn Lâm Tỳ Ni, Ấn Độ, nơi Phật Thích Ca đã tọa thiền 49 ngày đêm trước khi đắc đạo.

Thời vua A Dục, một vị vua đã có công chấn hưng Phật giáo, Thái tử Mahinda đã đem giống sang trồng ở Srilanka. Sau đó Đại đức Narada, người Tích Lan, cùng bà Karpeles trong phái đoàn Phật giáo Campuchia sang thăm Việt Nam, năm 1939, đã lấy giống từ cây bồ đề ở Tích Lan sang tặng Hội Phật giáo Trung phần và được trồng tại đây. Hiện tại giống cây bồ đề từ chùa Từ Đàm đã được phật tử Huế mang trồng thêm rất nhiều ở các chùa trong tỉnh.

Từ Đàm là đám mây lành. Đức Phật như mây lành, đem bóng mát đến cho thế gian. Trên bước đường Nam tiến của dân tộc, hãy tưởng tượng đến những người đầu tiên chọn đất xây dựng chùa. Trước mắt là đất mới, trên đầu là trời xanh. Có lẽ lúc vua Thiệu Trị đặt tên chùa đã tưởng tượng như vậy. Trên bầu trời xanh của nắng mới phương Nam, có đám mây lành tỏa bóng im xuống mặt đất. Rồi đây, nơi bóng im này, tiếng lành của Đức Phật sẽ âm vang trên đất mới.

Trải qua bao phế hưng của dòng lịch sử Phật Giáo Việt Nam và dân tộc Việt, chùa Từ Đàm đã từng là nơi diễn ra Đại hội Phật giáo thống nhất (1951) và là ngọn lửa đầu tiên trong phong trào đấu tranh chống kỳ thị tôn giáo thời chế độ Ngô Đình Diệm (1963). Ngày nay chùa Từ Đàm là nơi đặt văn phòng Ban trị sự Giáo hội Phật giáo tỉnh Thừa Thiên Huế, và cây Bồ Đề đã trở thành gốc cổ thụ hiếm hoi với 70 tuổi, là bóng mát cho du khách cùng người Phật tử đến viếng chùa, trài lòng mình dưới ánh từ bi Phật pháp.