Tiêu biểu cho quần thể kiến trúc này là tháp Cửu Phẩm Liên Hoa, xây dựng năm 1927, cao 32m là điểm nhấn trong tổng thể kiến trúc chùa Cổ Lễ và là biểu tượng văn hoá độc đáo. Tháp Cửu Phẩm Liên Hoa gồm 9 tầng hoa sen liên kết mà thành, mang ý nghĩa chín tầng trời phật (cửu trùng) - một đặc thù tín ngưỡng của đạo Phật Thích Ca. Chùa Cổ Lễ còn là một di tích lịch sử - cách mạng. Vào cuối năm 1946, hưởng ứng Lời kêu gọi Toàn quốc kháng chiến của Chủ tịch Hồ Chí Minh, các nhà tu hành ở chùa Cổ Lễ đã tạm rời cửa thiền ra chiến trường tham gia đánh giặc, cứu nước. Một buổi sớm tháng 2/1947, trời trong và nắng đẹp, hàng nghìn người đến chứng kiến buổi lễ thiêng liêng và cảm động của đoàn 27 nhà sư, trong đó có 2 ni sư cởi áo cà sa ra trận. Lễ cởi áo cà sa, mặc áo lính ra trận đã biến thành cuộc tuần hành tiến ra phố Cổ Lễ rồi toả về các làng quê trong khí thế cứu nước hào hùng.

Tiếp bước truyền thống, năm 1979, một lần nữa các nhà sư chùa Cổ Lễ lại cởi áo tu hành gia nhập quân đội, bảo vệ vùng biên ải Tổ quốc. Những năm 50, chùa Cổ Lễ trở thành nơi hoạt động cách mạng, nơi nuôi giấu cán bộ, là trụ sở Hội Phật giáo cứu quốc của tỉnh và của huyện trong nhiều năm. Hoà thượng Phạm Thế Long trụ trì chùa Cổ Lễ lúc bấy giờ rất nhiệt tình tham gia các công tác kháng chiến, kiến quốc. Ông đã đảm đương nhiều trọng trách trong Giáo hội và đã từng giữ chức Phó Chủ tịch Quốc hội khoá VII nước Cộng hoà XHCN Việt Nam.

Qua nhiều thế kỷ tồn tại, một số hạng mục công trình chùa Cổ Lễ đã xuống cấp; đặc biệt, cây tháp Cửu Phẩm Liên Hoa đã có hiện tượng lún, nghiêng và một số hạng mục khác bị hư hỏng. Trước hiện trạng đó, năm 2008, được sự đồng ý của UBND tỉnh, Sở Văn hoá - Thể thao và Du lịch đã lập dự án đầu tư tu bổ, tôn tạo di tích chùa Cổ Lễ với kinh phí gần 25 tỷ đồng từ Chương trình mục tiêu quốc gia về văn hoá và từ các nguồn vốn khác. Tháng 12/2009, dự án tu bổ, tôn tạo di tích chùa Cổ Lễ đã được khởi công. Giai đoạn I dự kiến làm trong 400 ngày, gồm các hạng mục: Tu bổ tháp Cửu Phẩm Liên Hoa, Đền Thánh, chùa chính, nhà khách, nhà tổ; tôn tạo hai hành lang tả, hữu. Giai đoạn II, gồm các hạng mục: Sân, tường bao, hệ thống điện chiếu sáng, kè đá hồ... Hiện nay, tháp Cửu Phẩm Liên Hoa và Đền Thánh đã được tu bổ xong; các hạng mục: chùa chính, nhà khách, nhà tổ và hai hành lang tả, hữu đang thi công. Giai đoạn I dự kiến hoàn thành đầu năm 2011...

Vào đầu tháng 9 âm lịch hàng năm, lễ hội chùa Cổ Lễ lại được mở - tưởng niệm Đức thánh Minh Không. Đặc biệt, năm 2010 là năm chính kỵ nên lễ hội sẽ được tổ chức từ 13 đến 16 tháng 9 (âm lịch). Lễ hội gồm 2 phần. Phần lễ bao gồm các nghi lễ: Dâng hương, tế lễ, múa rối chầu Thánh Tổ... Phần hội gồm các hoạt động: bóng chuyền, bơi chải, biểu diễn nghệ thuật, cờ tướng và một số trò chơi dân gian truyền thống.