Đến chùa Bích Động, qua tam quan, theo con đường chính đạo, du khách sẽ vào chùa Hạ, nằm ngay dưới chân núi. Chùa Hạ được dựng cách mặt đất 2 m, theo kiến trúc hai tầng tám mái, mái vút cong hình đuôi chim phượng và mái đao truyền thống. Ngôi chùa in dấu ấn thâm trầm, cổ kính của thời gian trên những tượng đá, văn bia, cây cối…
Chùa Hạ thờ Tam Bảo, thờ Phật và 3 vị sư tổ Trí Kiên, Trí Thể, Trí Tâm - những vị sư có công lớn trong việc xây dựng và trùng tu ngôi chùa. Ngay giữa chính điện là bức đại tự “Mạo cổ thần thanh”, nghĩa là chùa ở đây có tiếng vang thanh bạch và cổ kính từ xa xưa. Qua chùa Hạ, du khách tiếp tục lên đến chùa Trung. Đường lên chùa Trung toả rợp bóng mát của những cây thị cổ thụ, càng tạo nên sự mênh mông, thanh tịnh cho ngôi chùa, nhất là khi mùa thị chín, mùi thơm lan toả khắp không gian.
Ngay trên nóc chùa Trung là hai Hán tự Bích Động, đây là bút tích của quan Đại tư đồ Nguyễn Nghiêm, cha của Đại thi hào Nguyễn Du viết năm 1774 theo lệnh của chúa Trịnh Sâm. Chùa Trung được dựng theo mô hình chùa động khá phổ biến, toàn khu động cạn ôm gọn lấy mái chùa và điện thờ Mẫu. Mái chùa hiện ra với dòng chữ Hán “Già Lam thần đại hùng bảo điện Nam thiên tổ” nghĩa là tất cả các vị sư tổ ở trời Nam này đều xuất phát từ Bích Động ra đi.

Khu điện chính chùa Trung là các ban thờ Phật với dòng Đại tự “Linh Sơn phật hội”. Bên phải chùa Trung có một lối đi dẫn lên động Tối. Đi lên 20 bậc đá, du khách bắt gặp một quả chuông đồng và cầu giải oan thiên tạo. Tương truyền, những ai có oan ức trong lòng, qua cầu giải oan và thỉnh 3 tiếng chuông thì sẽ được giải thoát. Động Tối còn là nơi đặt công binh xưởng Phan Đình Phùng để sản xuất vũ khí phục vụ chiến đấu thời kháng chiến chống Pháp. 


Nhũ đá ở động Tối không hổ danh với lời đề tặng “Nam thiên đệ nhị động” của người xưa. Tầng tầng, lớp lớp nhũ xếp chồng lên nhau trong không gian huyền ảo sáng tối và kỳ diệu. Nhũ đá phong trầm biến thiên từ nước và đá núi hàng nghìn hàng vạn năm óng ánh như dát bạc, được nhân thế thổi hồn thành những huyền thoại. Trong động Tối, ngoài thờ Phật còn có ngách riêng thờ Mẫu Thượng Ngàn, có nhiều nhũ đá hình cá voi, hình rùa, hình mỏ đại bàng trông rất hấp dẫn và bệ thờ Quan âm Bồ tát.
Bước ra khỏi động Tối, lên khoảng 30 bậc đá nữa du khách đến được chùa Thượng, có nét khác biệt là quay mặt về hướng Đông (nên còn được gọi là chùa Đông). Chùa Thượng có quy mô nhỏ nhất, duy chỉ thờ tượng Phật Bà Quan âm. Hai bên chùa là miếu thờ Sơn thần và Thổ địa. Từ chùa, phóng tầm mắt ra xa, du khách sẽ được chiêm ngưỡng cảnh sắc thanh bình, yên ả của làng quê, thấy được nét đẹp của sơn thanh thuỷ tú mà thiên nhiên ưu ái cho đất và người Ninh Bình.