Vườn Quốc gia Côn Đảo   có môi trường, tài nguyên thiên nhiên còn tương đối nguyên vẹn, mức độ đa dạng sinh học cao, với nhiều bãi biển đẹp và các di tích lịch sử quan trọng. Các giá trị sinh học khá phong phú và đa dạng với khoảng 882 loài thực vật bậc cao thuộc 562 chi, 161 họ, trong đó có đến 371 loài thân gỗ, 30 loài phong lan, 103 loài dây leo, 202 loài thảo mộc, 44 loài thực vật được các nhà khoa học tìm thấy lần đầu tiên ở đây, 11 loài được các nhà khoa học lấy tên Côn Sơn đặt tên loài. Một số loài được xếp vào danh mục quý hiếm: Găng néo, lát hoa... Hệ động vật rừng Côn Đảo đến nay đã ghi nhận được 144 loài, trong đó lớp thú chiếm 28 loài, chim 69 loài, bò sát 39 loài, lưỡng cư 8 loài; một số động vật đặc hữu tại Côn Đảo: Sóc mun, sóc đen, chuột hưu...

 

Về hệ sinh thái biển, Côn Đảo rất đa dạng và phong phú với 1.321 loài sinh vật biển đã thống kê được, trong đó thực vật ngập mặn có 23 loài, rong biển 127 loài, cỏ biển 7 loài, phù du thực vật 157 loài, phù du động vật 115 loài, san hô 219 loài, thú và bò sát biển 5 loài; hiện 37 loài quý hiếm có tên trong Sách Đỏ Việt Nam. Đặc biệt, Côn Đảo còn là bãi đẻ trứng của một số loài rùa biển và các loài cá quý hiếm: Cá voi xanh, cá nược… Mối liên hệ của rạn san hô, thảm cỏ biển và rừng ngập mặn đã tạo nên một môi trường thuận lợi cho sinh sản, ương giống và bảo tồn các loài sinh vật biển. Vùng nước nông ven đảo cũng là nơi phân bố nhiều loài động vật quý: Rùa biển, cá heo, bò biển... Sự đa dạng sinh học của vùng biển Côn Đảo có ý nghĩa quốc gia về bảo tồn thiên nhiên biển ở Việt Nam.

 

Hiện nay, Vườn Quốc gia Côn Đảo có nhiều tuyến, điểm du lịch với đa dạng loại hình: Câu cá, lặn, đi bộ, xe đạp, ngắm cảnh thiên nhiên, du thuyền hay du lịch kết hợp với nghiên cứu khoa học và nhiều chương trình trợ giúp của các tổ chức trong nước và quốc tế: Cứu hộ rùa biển, điều tra, khảo sát cỏ biển và du gông, phát triển du lịch sinh thái và dự án trình diễn quản lý môi trường biển và ven biển, chương trình bảo tồn đa dạng sinh học biển…