Lũ lụt trong mùa hè nóng ẩm. mưa nhiều đã biến Pantanal trở thành một khu vực hồ - đầm lầy cùng với một số vùng đất khô mùa đông, hình thành một khu vực loang lổ da báo với những khu vực đầm lầy bị cỏ mọc che phủ phần lớn, hồ nhỏ, những con sông nhỏ chảy ngoằn nghoèo, đầm nước ngập mặn và khu vực cây cỏ dày đặc.

Địa hình Pantanal vô cùng độc đáo không chỉ do đặc điểm tự nhiên và khí hậu khu vực, mà còn có sự đa dạng to lớn của hệ động - thực vật khu vực. Tại Pantanal có khoảng 3.500 loài thực vật, 650 loài chim, 80 loài động vật có vú và 50 loài bò sát, trong đó chỉ riêng cá sấu có khoảng 20 triệu con. Tại Pantanal có rất nhiều các khu vực tự nhiên được bảo vệ đặc biệt và một khu bảo tồn thiên nhiên cùng tên, Pantanal là khu Di sản thế giới của UNESCO.