Chùa Liên Phái được xây dựng từ năm Bảo Thái thứ 7 (năm 1726), đời Lê Dụ Tông. Tổ khai sáng ra chàu Liên Phái là Tổ Cứu Sinh (1696-1733), pháp hiệu Như Trừng Lân Giác (khi chưa xuất gia là Thế tử Trịnh Thập), vốn dòng dõi chúa Trịnh, được cấp đất lập tư dinh ở vùng này.

Tương truyền khi Thế tử xây dựng dinh thự ở đây, thấy xuất hiện ngó sen, Ngài cho rằng có duyên với Phật nên đã xuất gia và xây chùa thờ Phật ngay trên mảnh đất này, đặt tên chùa là Liên Hoa. 
Thời nhà Nguyễn, thực hiện lệnh kiêng húy của triều đình, chùa Liên Tông lại đổi thành chùa Liên Phái như ngày nay.

Nguồn:  Đình - Đền - Miếu - Chùa Việt Nam