Nguyên liệu để nấu món ăn này ngoài hoa lục bình còn phải kết hợp với nhiều thành phần khác như bạc hà, ngò gai, ngò om, hành phi, ớt xắt… tùy theo từng vùng mà người ta dùng cá lóc, lươn, tôm tươi... để nấu cùng. Lục bình sau khi hái về, đem nhặt lấy phần phần hoa non được ngắt từ chóp hoa đến phần cuống khoảng gần 1 gang tay, rửa nhẹ để hoa không bị nát. Sau đó, ngâm hoa với nước pha với chút muối trong khoảng thời gian nhất định rồi vớt ra để cho ráo.

Để món canh chua hoa lục bình được thơm ngon, ngoài việc có một mẻ cá tươi thì người chế biến cũng phải có kỹ năng khi chế biến. Cá sau khi làm sạch, chiên sơ cho thịt cá săn lại, gắp ra dĩa. Sau đó, bắc nồi nước nấu với một lượng vừa đủ. Để tạo cho món ăn có vị chua có thể dùng me, cơm mẻ hay dùng tắc (quả quất) tùy theo sở thích. Nếu sử dụng me thì nước có vị chua gắt nhưng nếu dùng nước cốt tắc để nêm thì nước canh sẽ có vị chua thanh, nước trong và thơm hơn. Khi nước sôi, bỏ cá vừa chiên vào, nêm nếm với một chút muối, bột ngọt, đường, nước mắm để canh thêm đậm vị. Khi cá vừa chín tới bỏ bạc hà, hoa lục bình vào rồi mới tắt bếp. Cuối cùng là múc canh ra tô, bỏ ngò gai, ngò om đã thái nhỏ, rắc hành phi và trang trí thêm vài lát ớt là dùng được.