Đề án được thực hiện trong 4 năm, chia thành 2 giai đoạn. Trong giai đoạn 1 (2011-2012) sẽ đầu tư cho sản xuất và phát hành hộ chiếu điện tử ở trong nước. Giai đoạn 2 (2013-2014) đầu tư cho mở rộng phát hành hộ chiếu điện tử ra các cơ quan đại diện Việt Nam ở nước ngoài và phát triển khai việc kiểm soát hộ chiếu điện tử tại các cửa khẩu.

Nội dung của đề án được xây dựng thành bốn dự án thành phần với tổng dự toán đầu tư là 1.024 tỷ đồng, trong đó, 175 tỷ đồng để đầu tư dây chuyền thiết bị và phần mềm sản xuất hộ chiếu điện tử Việt Nam; 512 tỷ đồng đầu tư hạ tầng kỹ thuật, thiết bị và phần mềm phục vụ cấp phát, kiểm soát và quản lý hộ chiếu điện tử trong các đơn vị thuộc Bộ Công an.

Một trong những nguyên tắc của đề án là đảm bảo tính đồng bộ, thống nhất cao nhất của toàn hệ thống, không chia tách theo phạm vi bộ ngành, kết nối thông suốt từ trong nước ra ngoài nước.

Bên cạnh đó, công nghệ nhận dạng vân tay triển khai trong Đề án phải đảm bảo tương thích với các công nghệ nhận dạng vân tay sử dụng trong hệ thống chứng minh nhân dân điện tử và hệ thống tàng thư tội phạm mà Bộ Công an đang chủ trì xây dựng.

Cơ sở dữ liệu quốc gia về hộ chiếu điện tử phải đảm bảo khả năng mở rộng và tích hợp để trao đổi, chia sẻ và sử dụng lại dữ liệu với các cơ sở dữ liệu quốc gia khác về dân cư, về chứng minh nhân dân, về tội phạm.

Thủ tướng giao Bộ Công an đầu tư xây dựng cơ sở dữ liệu quốc gia về hộ chiếu và xuất nhập cảnh, là đầu mối tập trung thông tin dữ liệu về cấp hộ chiếu và xuất nhập cảnh từ Bộ Ngoại giao, Bộ Quốc phòng, Bộ Giao thông vận tải về Bộ Công an để quản lý thống nhất.